สถาบันขงจื่อแห่งมหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวงถูกก่อตั้งขึ้นจากความร่วมมือระหว่างมหาวิทยาลัยเซี่ยเหมิน ซึ่งเป็นมหาวิทยาลัย ณ ประเทศจีน กับมหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง ณ ประเทศไทย เมื่อวันที่ 23 ธันวาคม พ.ศ. 2548 โดยผ่านการอนุมัติจากศูนย์แลกเปลี่ยนและส่งเสริมความร่วมมือด้านภาษาจีนระหว่างประเทศ ( เดิมคือสำนักงานส่งเสริมการเรียนการสอนภาษาจีนนานาชาติหรือสำนักงานฮั่นปั้น สำนักงานใหญ่สถาบันขงจื่อ ) และเริ่มเปิดดำเนินการอย่างเป็นทางการในวันที่ 4 พฤศจิกายน พ.ศ. 2549
สถาบันขงจื่อแห่งมหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวงเป็นสถาบันที่ส่งเสริมและอำนวยความสะดวกในการศึกษาเล่าเรียนเกี่ยวกับภาษาและวัฒนธรรมจีน สถาบันขงจื่อฯ ได้มีการจัดกิจกรรมที่มีความหลากหลายเพื่อเป็นการรำลึกถึงคำสั่งสอนและคุณธรรมอันดีงามของท่านบรมครูขงจื่อซึ่งเป็นนักปราชญ์ที่ยิ่งใหญ่ขณะเดียวกันก็เป็นการสืบทอดศิลปะและวัฒนธรรมจีนแบบดั้งเดิมพร้อมกับเป็นการกระชับความสัมพันธ์อันดีระหว่างประเทศจีนและประเทศไทยอีกด้วย
สถาบันขงจื่อฯได้ทำบันทึกข้อตกลงความร่วมมือกับโรงเรียนประถมศึกษาและมัธยมศึกษา 5 แห่งในจังหวัดเชียงรายเป็นโรงเรียนในเครือข่าย ได้แก่ โรงเรียนวัดหมื่นพุทธวิทยา โรงเรียนเทศบาล 5 เด่นห้า โรงเรียนสามัคคีวิทยาคม โรงเรียนเทศบาล 1 ศรีเกิดและโรงเรียนพานพิทยาคมตามลำดับ เพื่อเป็นการอำนวยความสะดวกบริการด้านการสอบวัดระดับภาษาให้แก่ผู้ที่เรียนภาษาจีนในพื้นที่จังหวัดเชียงราย ปัจจุบันมีสนามสอบวัดระดับภาษาจีน HSK HSKK และ YCT ทั้งหมดจำนวน 7 แห่งที่อยู่ภายใต้การดูแลของสถาบันขงจื่อฯ
สถาบันขงจื่อฯ ได้รับหน้าที่ในการสอนภาษาจีนให้แก่นักศึกษาระดับปริญญาตรี สาขาการแพทย์แผนจีน สำนักวิชาแพทย์บูรณาการ พร้อมกับเปิดสอนวิชาบังคับ ภาษาจีน 1 และภาษาจีน 2 ให้แก่นักศึกษาระดับปริญญาตรีที่ไม่ได้ศึกษาอยู่ในสาขาภาษาจีนและมีระบบการเรียนรู้ทางออนไลน์ที่พัฒนาขึ้นเอง อีกทั้งให้ความช่วยเหลือแก่ทางสำนักวิชาจีนวิทยา มหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวงในการเปิดสอนรายวิชาการสอนภาษาจีนและวัฒนธรรมจีน นอกจากนี้ยังให้การสนับสนุนหลักสูตรภาษาและวัฒนธรรมจีน รวมถึงกิจกรรมสัมผัสประสบการณ์ทางวัฒนธรรมที่หลากหลายให้แก่โรงเรียนในเครือข่ายและโรงเรียนประถมและมัธยมโดยรอบ
อนึ่ง สถาบันขงจื่อแห่งมหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวงได้มีพันธกิจร่วมกับศูนย์ภาษาและวัฒนธรรมจีนสิรินธรมหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง ในการจัดกิจกรรมส่งเสริมการเรียนรู้ภาษาจีนในรูปแบบต่างๆ อย่างต่อเนื่องให้กับนักศึกษาและบุคคลทั่วไป ไปจนถึงการจัดการแข่งขันทักษะภาษาจีนและกิจกรรมสัมผัสวัฒนธรรมจีนอันหลากหลาย
ปัจจุบันสถาบันขงจื่อแห่งมหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวงมีคณาจารย์และเจ้าหน้าที่ทั้งหมดจำนวน 23 ท่าน แบ่งเป็นอาจารย์ที่ได้รับการสนับสนุนจากรัฐบาลจีนจำนวน 8 ท่าน อาจารย์อาสาสมัครชาวจีนจำนวน 6 ท่าน อาจารย์ชาวไทย 1 ท่าน เจ้าหน้าที่บริหารฝั่งไทย 6 ท่านและผู้อำนวยการฝั่งไทยและฝั่งจีน ฝั่งละ 1 ท่าน มีห้องเรียนโดยเฉพาะจำนวน 10 ห้อง ห้องสมุดเก็บรวบรวมหนังสือกว่าหนึ่งหมื่นเล่ม ตีพิมพ์หนังสือแบบเรียนภาษาจีนและหนังสือเกี่ยวกับวัฒนธรรมจีนทั้งหมดจำนวน 12 เล่ม
皇太后大学孔子学院由中方院校厦门大学与泰国皇太后大学合作建立。2005年12月23日经中外语言文化交流合作中心（原国家汉办/孔子学院总部）批准，于2006年11月4日正式揭牌运营。
皇太后大学孔子学院是一所支持和提供中国语言和文化学术服务的机构。孔院通过举办各类活动来纪念伟大哲学家孔子的教诲和美德，同时传承弘扬中国传统文化和艺术，进一步增进中泰两国之间的友好情谊。
孔院先后与清莱5所中小学签订合作协议设立教学点，分别是万佛慈恩寺中学、清莱市第五中学、清莱市团结中学、清莱市第一小学、清莱府攀县中学。孔院目前下设HSK、HSKK、YCT分考点7个，为当地中文学习者提供了便捷的考试服务。
皇太后大学孔子学院主要承担整合医学院中医专业本科生汉语教学强化任务，面向全校非汉语专业本科生开设《汉语一》、《汉语二》必修课并配套自主研发的网络学习系统，协助皇太后大学汉学院开设、教授汉语及中国文化课程，并为周边中小学和教学点提供汉语、中国文化和各类文化体验课程。
此外，皇太后大学孔子学院还与诗琳通中国语言和文化中心（Sirindhorn Chinese Language and Culture Center）合作，持续组织面向学生和公众的各种形式的汉语学习活动，并定期组织开展汉语技能比赛和丰富的文化体验活动。
皇太后大学孔子学院现有教职员工23名，其中公派教师8人，志愿者教师6人，本土教师1人，泰方工作人员6人，中泰方院长各1人。专用教室10间，图书馆藏书10,000余册；出版汉语教材和中国文化书刊12册。